Die Lehrveranstaltungen des Masterstudiengangs Industrielle Biotechnologie finden an der Hochschule Biberach und an der Universität Ulm statt. Dabei liegt in Ulm der Schwerpunkt auf der Regulation des Stoffwechsels sowie der Molekularen Mikrobiologie. An der Hochschule in Biberach stehen Biokatalyse, Enzymtechnologie, Algenbiotechnologie sowie Prozess- und Verfahrenstechnik im Vordergrund. Einen interessanten und aus dem Bachelorstudiengang bewährten Teil bilden wissenschaftliche Projektarbeiten an der Universität Ulm und an der Hochschule Biberach. Das wissenschaftliche Arbeiten und der Forschergeist werden hier trainiert und geschult.

Vorgesehen ist das erste Semester mit den Schwerpunkten Biokatalyse, Verfahrenstechnik, Enzymtechnologie, Technische Mikrobiologie in Biberach zu absolvieren. Das zweite Semester findet an der Universität Ulm mit Schwerpunkten zur bakteriellen Regulation des Stoffwechsels und der Molekularen Mikrobiologie statt. Im dritten Semester sind Algenbiotechnologie sowie prozess- und verfahrenstechnische Fächer geplant. Eine Masterarbeit im vierten Studiensemester bildet den Abschluss.